El CECS tiene como misión gestionar el proceso educativo de la Escuela de Medicina y Ciencias de la Salud y de Méderi, a través de la permanente evaluación de las necesidades del entorno y del individuo, el aseguramiento de los resultados del aprendizaje, las estrategias educativas, la implementación de los recursos educacionales, la evaluación individual y de los programas que faciliten el desarrollo curricular.

El propósito de estas acciones en conjunto es fomentar la educación en Medicina y Ciencias de la Salud, con los más altos estándares de calidad nacionales e internacionales y ser reconocidos como tal. Además, dirige los procesos de Educación Continuada y Extensión y promueve la Investigación en Educación en Ciencias de la Salud.