Esas gloriosas pero y a la vez trágicas épocas arrebataron al Rosario los bienes recibidos del Fundador pero no le impidieron su tarea formadora que durante el siglo XIX se llevó a cabo bajo la égida del liberalismo radical. En 1890 la Regeneración dio un vuelco al Claustro designando como Rector a Monseñor Rafael María Carrasquilla, quien hasta 1930 y dentro de un clima de tolerancia política y de respeto por la opinión ajena, educó a los dirigentes del país, que sobrevivía después de tantos conflictos armados.

A partir de esa fecha Monseñor José Vicente Castro Silva continuó brillantemente esa labor y constituyó al Rosario en una verdadera Universidad agregando a la Facultad de Jurisprudencia las de Economía y Administración de Empresas y restaurando la de Medicina.

Posteriormente durante ese Rectorado el Rosario participó activamente en la creación de la Asociación Colombiana de Universidades y posteriormente del Claustro surgió la idea de convocar una Asamblea Constituyente, que culminó en la Constitución Política de 1991, hoy vigente.

Hoy al repasar la lista de sus alumnos encontramos que 29 de ellos han ocupado, en propiedad o pasajeramente, la Presidencia de la República siendo los últimos Alfonso López Michelsen y Andrés Pastrana Arango.

En estos principios del siglo XXI se continúa con la labor educativa integral para más de 7000 estudiantes del Colegio de Primaria y Bachillerato en los Arrayanes, y de los los programas de pregrado de Administración de Empresas, Administración de Negocios Internacionales, Ciencia Política y Gobierno, Relaciones Internacionales, Economía, Finanzas y Comercio Internacional, Periodismo y Opinión Pública, Estudios de Artes Liberales en Ciencias Sociales, Filosofía, Sociología, Fisioterapia, Fonoaudiología, Terapia Ocupacional, Jurisprudencia y Medicina, así como con los programas de postgrado.

La historia del Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario se confunde con la de Colombia que es el horizonte de todos sus esfuerzos pues, bajo el lema Nova et Vetera, siempre antiguo y siempre nuevo, el Claustro Rosarista, orgulloso de su tradición asegura una educación de la más alta calidad, con la tecnología más avanzada y dentro de los más exigentes parámetros internacionales para entregar al país unos profesionales que alcancen el ideal de una patria libre, pacífica y justa.