Desde sus aulas, gracias al Sabio José Celestino Mutis, durante el siglo XVIII en la Nueva Granada se vivió plenamente el movimiento de la Ilustración: se divulgó a Copérnico y a Newton, se diseñó el primer plan para la enseñanza de las matemáticas modernas y se dictaron las primeras lecciones de Medicina. El Sabio Mutis inauguró en 1762 la revolucionaria cátedra de Matemáticas que dio origen a la "Expedición Botánica del Nuevo Reino", la cual permitió conocer las riquezas naturales del país a quienes luego fueron próceres y mártires de la Independencia.

El Claustro del Rosario formó la generación que, a principios del siglo XIX, declaró la Independencia de España y es por eso que en 1810, Antonio Ignacio Gallardo y Guerrero, firma el acta del 20 de julio, agregando su título de Rector del Rosario siendo así el único de quienes suscriben ese documento que lo hace a nombre de una institución. Las cátedras de Derecho Natural y Derecho de Gentes, algunas veces suprimidas por orden del gobierno español por considerarlas peligrosas, fomentaron el ideal de libertad y convirtieron al Claustro en centro de conspiración.

Cuando la reconquista el "Pacificador" Morillo, convirtió sus aulas en cárceles y el Claustro, sin interrumpir su trajín educativo, fue la antesala del patíbulo para patriotas tales como Camilo Torres , Francisco José de Caldas, Joaquín Camacho, Manuel Rodríguez Torices, José María García de Toledo y tantos otros Rosaristas que contribuyeron al Nacimiento de la Nación colombiana logrando que el Claustro de Fray Cristóbal sea distinguido como Cuna de la República.