1. Fray Tomás Navarro, O.P.
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1653 diciembre 18 – 1662 enero 9. Nombrado por Fray Cristóbal. Se retiró por estar ciego |
2. Fray Juan del Rosario, O.P.
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1662 enero 9 – marzo19. Vicerrector nombrado por Fray Cristóbal y Rector interino |
3. Cristóbal de Araque y Ponce de León y Ávila
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Rector perpetuo, nombrado por Fray Cristóbal ratificado por cédula real de 12 de julio de 1664. Nunca se posesionó |
4. Juan Peláez Sotelo
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1665 marzo 19 – 1666 diciembre 18. Interino en reemplazo del Rector perpetuo, Primer Rector electo por los Colegiales el 18 de diciembre de 1665 |
5. Juan de Mosquera Nuguerol
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1666 diciembre 18 – 1667 |
6. Cristóbal de Torres Bravo
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1667 mayo 7. Interino. |
7. Enrique de Caldas Barbosa y Santiago
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1667 diciembre 22 – 1668 diciembre 18 |
8. Nicolás de Guzmán y Solanilla
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1669 –1670 |
9. Enrique de Caldas Barbosa y Santiago
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1671 – 1672 |
10. Juan de Mosquera Nuguerol
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1673 – 1676 |
11. Nicolás Flórez de Acuña
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1677 |
12. Cristóbal de Torres Bravo
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1677 mayo. Interino. |
13. Enrique de Caldas Barbosa y Santiago
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1678 |
14. Francisco Osorio Nieto de Paz y Herrera
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1679 |
15. Enrique de Caldas Barbosa y Santiago
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1680 – 1682 |
16. Cristóbal de Torres Bravo
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1683 – 1684 |
17. Gregorio de Borja y Espeleta de Montenegro
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1685 – 1687 octubre 15 |
18. Juan Agustín del Río Interino
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1687 octubre 15 – octubre 24 |
19. Nicolás Flórez de Acuña
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1687 octubre 24 – noviembre 8 |
20. Antonio de MurSol de Villa y Grijota
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1688 – 1690 |
21. Gregorio de Borja y Espeleta de Montenegro
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1691 |
22. Francisco de Agudelo Arias de Bolívar
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1692 – 1693 |
23. Andrés del Río
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1694 – 1696 |
24. Jacinto Roque Flórez de Acuña
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1697 enero – abril. Vicerrector y Rector interino |
25. Sebastián Carlos Pretel y Cid Cuadrado
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1697 mayo – diciembre |
26. Jacinto Roque Flórez de Acuña
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1698 marzo – diciembre. Vicerrector y Rector interino |
27. Cristóbal de Torres Bravo
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1699 marzo - 1701 diciembre 18 |
28. Jacinto Roque Flórez de Acuña
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1701 diciembre 18 – 1704 diciembre 18 |
29. Juan Andrés Manzanarez y Juera
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1704 diciembre 18 – 1707 |
Jacinto Roque Flórez de Acuña
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1708 – 1710 |
30. Fernando Antonio Camacho de Guzmán y Rojas
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1711 – 1714 diciembre 18 |
31. Luis Antonio de Berrío y Mendoza de Castrillón
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1714 diciembre 18 – 1717 febrero |
32. Fray Francisco Ramírez Floreano de Hoyos
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1717 marzo 19 – 1718 diciembre 15 |
33. Fray José de Mena Peláez
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1718 diciembre 18 - 1719 diciembre24. Vicerrector y Rector interino |
34. Miguel Carlos de Sorza y Mena
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1719 diciembre 24 – 1722 diciembre 24 |
35. Pedro José de Leyva y La Madrid
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1722 diciembre 24 – 1725 diciembre 22 |
36. José Ignacio de Flórez y Vanegas
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1725. Interino; el Rector se encontraba en Calandaima |
37. Luis Antonio de Berrío y Mendoza de Castrillón
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1725 diciembre 22 – 1728 julio |
38. Cristóbal de Caycedo y Vélez Ladrón de Guevara
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1728 julio – diciembre 22. Vicerrector y Rector en sede vacante |
39. Fernando Antonio Camacho de Guzmán y Rojas
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1728 diciembre 22 – 1733 diciembre 20. Reelecto el 19 de diciembre de 1731 |
40. Francisco Lucas Pérez Manrique de Lara y Ospina
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1733v diciembre 20 – 1736 diciembre 16 |
41. José Manuel de Tejeira y Mena
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1736 diciembre 16 – 1738 febrero 19 |
42. Antonio José de Guzmán y Monasterio
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1738 febrero 19 – mayo 31. Vicerrector y Rector interino |
43. Francisco Javier Tello de Mayorga y Camacho
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1738 mayo 31 – 1741 |
44. Luis Francisco de Guzmán y Monasterio
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1742 agosto 11 – 1744 diciembre. Electo el 18 de diciembre de 1741 |
45. José Gabriel Manrique de Lara y Ospina
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Electo el 18 de diciembre de 1744. No se pudo posesionar pues murió antes de asumir el cargo. |
46. Miguel José Masústegui y Archer
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1745 mayo 14 – diciembre 18. Vicerrector y Rector en sede vacante |
47. José Ignacio de Flórez y Vanegas
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1745 diciembre 18 – 1748 febrero 4 |
48. Antonio José de Guzmán y Monasterio
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1748 febrero 4 – 1750 diciembre 23 |
