Previa autorización del Monarca de Castilla Felipe IV, el Arzobispo de Santa Fe, Fray Cristóbal de Torres, fundó en 1653 el Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario. Luego, por Real Cédula de 1768 de Carlos III, es reconocido como un Colegio de Estatuto al igual que los seis Colegios Mayores de España, con lo cual se continúa en América la tradición universitaria de Salamanca.

El Fundador instauró como símbolo la Cruz de Calatrava y dictó las Constituciones, que hoy en lo sustancial rigen la organización. Dentro de la clasificación renacentista de las universidades, cuyo modelo además se refleja en las Constituciones, cuando se afirma que su fundación se hará siguiendo las pautas de la Universidad de Salamanca, se ubica como “Universitas Scholarium” que es aquella en cuyo gobierno y administración influye notablemente el estamento estudiantil. En este sentido, la Universidad es una institución privada y autónoma, con una participación activa de quince Colegiales de Número, que son estudiantes de grandes méritos académicos y, por sobre todo, de altas calidades morales y de conducta. Tienen como principal responsabilidad elegir cada cuatro años al Rector y a los Consiliarios, máximas autoridades de la Universidad. Se reafirma que el Colegio Mayor es Universidad, denominación que hace alusión al “gremio o corporación de los que enseñan y aprenden, de los maestros y discípulos dedicados al oficio de aprender los saberes”.

El Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario cuenta con el Colegio que sirve los niveles de educación básica y media, y con la Universidad. Esta última está constituida por nueve (9) Facultades :Jurisprudencia, Medicina, Rehabilitación y Desarrollo Humano, Economía, Ciencia Política y Gobierno, de Relaciones Internacionales, Altos Estudios de Administración y Negocios, Ciencias Humanas y Educación Continuada y la Decanatura del Medio Universitario.

Los órganos directivos que acompañan a la Rectoría son: la Vicerrectoría, la Sindicatura y la Secretaría General y, éstas, a su vez, cuentan con organismos como las Direcciones Financiera y la Administrativa y de Tecnología, el Departamento de Planeación y Desarrollo Académico, la Biblioteca, la Cancillería, la Oficina de Relaciones Internacionales, el Departamento de Mercadeo y Comunicaciones, la Oficina Asesora Jurídica, la Oficina de Admisiones, la Oficina de Registro y Control Académico, el Centro Editorial y el Departamento de Auditoria Interna.