En la medida en que la Maestría se fundamenta y debe nutrirse de las actividades del grupo de investigación de las Facultades, las actividades investigativas del CEPI se convierten en el soporte de las actividades académicas del programa.

El Centro de Estudios Políticos e Internacionales tiene como propósito aportar nuevos elementos al debate científico-académico en las disciplinas de la ciencia política, del gobierno y de las relaciones internacionales para que ellos sean utilizados en el tratamiento y en la solución de problemas locales, nacionales e internacionales. Su trabajo continuo y de calidad le ha valido el reconocimiento de Colciencias.

El CEPI publica regularmente los resultados de su tarea de investigación por líneas y por proyectos, así como libros, revistas científicas: Desafíos (semestral), Territorios (semestral) y Perspectivas Colombo-Canadienses (anual), y artículos en revistas científicas nacionales e internacionales.

Desde el año 2005, la Revista Desafíos está indexada internacionalmente en el International Bibliography of Social Sciences, IBSS, del London School of Economics and Political Science y en EBSCO y CLASE  desde el año 2007. Tiene además indexación en Publindex en el ámbito nacional.

El CEPI ha recibido, adicionalmente, el reconocimiento, interno y externo, de su política de investigación formativa, a través de la selección y el financiamiento de varios de sus jóvenes investigadores (en particular por Colciencias y fundaciones internacionales).

Los estudiantes de la Maestría tienen además la oportunidad de trabajar conjuntamente con sus profesores y tutores en los diferentes Observatorios, Centros de estudio y grupos de trabajo que funcionan en el CEPI.