En la actualidad el CETRE cuenta con un grupo de investigación interuniversitario con la Pontificia Universidad Javeriana y la Universidad Nacional de Colombia. El grupo se dedica a la investigación de problemas actuales de la filosofía de la religión y el estudio del lugar de las religiones en el mundo contemporáneo. Los temas centrales de investigación son: epistemología de la religión (en particular cuestiones como religión y racionalidad, ciencia y religión, conocimiento religioso, experiencia religiosa) y religión y modernidad (en particular teorías de la secularización y la postsecularización, religión y política, transformaciones de lo religioso en el mundo contemporáneo).
 
El grupo ha recibido financiación del Ian Ramsey Centre for Science and Religion de la Universidad de Oxford, con recursos de John Templeton Foundation y de SCIO- Scholarship and Christianity in Oxford, con recursos de Templeton Religious Trust.
 
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El grupo de investigación del CETRE cuenta con un seminario permanente de investigación que se realiza con intensidad quincenal y en el que participan estudiantes y profesores de varias universidades de Bogotá. Este seminario se dedica tanto al estudio de textos relevantes en el estudio de las religiones, como a la presentación y discusión de los productos de investigación de los miembros del grupo.