En principio, el patrono del Colegio del Rosario era el arzobispo de Santafé. Luego de que Felipe IV sancionara el pleito con los dominicos en favor del Colegio, el rey se hizo cargo del patronato, mediante sus representantes en Nueva Granada, los virreyes. En la República, el patronato pasó al presidente. La figura y funciones del patrono están formuladas en las Constituciones [Título I Constitución I-II]: